신임 연구원이 타깃 하나와 스캐폴드 하나를 검토할 6주짜리 스크리닝 계획서를 제출합니다. 시약 견적은 1,800만 원이지만, 연구소장이 화합물 이름을 검색한 결과는 0건입니다. 3년 전 같은 스캐폴드로 수행한 실험은 CPD-0417이라는 이전 명칭으로 기록되어 있어 현재 이름으로 찾지 못한 상황입니다.
45인 바이오텍을 가정한 시나리오입니다. 연구원의 평균 재직 기간은 2.8년이고 CPD-0417의 실험 담당자는 재작년에 퇴사했습니다. 전자실험노트 익스포트 6,200건, 프로젝트 사후 리뷰 40건, 외부 문헌 노트 210건을 활용해 서로 다른 세대의 화합물 명칭과 과거 실험을 연결하는 방법을 소개합니다.
검토할 자료: 실험노트와 프로젝트 리뷰
3년 전 실험 결과와 중단 이유는 사후 리뷰에 남아 있습니다. 다만 과거 기록과 오늘의 계획서가 같은 화합물을 다른 이름으로 부르고 있습니다.
- 전자실험노트 익스포트 6,200건. 노트 하나당 실험 하나씩, 프로토콜·조건·결과 수치·관찰 메모가 들어 있다.
- 프로젝트 사후 리뷰 40건. 왜 접었는지, 무엇이 벽이었는지가 문장으로 적힌 유일한 자료.
- 외부 문헌 노트 210건. 논문에서 뽑은 타깃·스캐폴드 요약과 원문 링크.
- 화합물 명명 두 세대. 2023년까지는 내부 코드명(CPD-0417), 이후는 신규 명명 체계. 매핑 표는 없다.
- 퇴사자 4명이 쓴 노트. 작성자에게 물어볼 수 없다.
기존 방식과 어려운 점
계획서의 화합물 이름으로 검색해 결과가 0건이면 타깃 이름으로 다시 검색합니다. 타깃 관련 노트가 300건 넘게 나오면, 같은 스캐폴드인지 확인하기 위해 각 노트의 구조를 살펴봐야 합니다.
과거 실험을 아는 연구원이 회의에 참석해야 중복 실험을 알아챌 수 있는 상황입니다. 평균 재직 기간이 2.8년인 이 가상 조직에서는 3년 전 경험을 전달할 사람이 없을 수 있습니다. 신임 연구원의 계획이 승인된 뒤, 6주를 들여 과거와 같은 문제를 다시 확인하게 됩니다.
그 실험을 한 사람은 재작년에 나갔다. 이름이 언제 바뀌었는지는 아무 데도 안 적혀 있다.
자료 가져오기와 추출 설정
기본 설정 절차는 아카데미 레슨에서 확인할 수 있습니다. 이 사례에서는 자료 6,200건을 처리하고, 서로 다르게 표기된 두 세대의 화합물 이름을 연결하는 방법을 다룹니다.
익스포트한 실험노트 폴더 가져오기
사이드바 → "소스 추출하기"(Cmd+Shift+I)에 전자실험노트 익스포트 6,200건과 사후 리뷰 40건 폴더를 끌어다 놓는다. 문헌 노트의 논문 링크는 "직접 추가하기" → "URL 추가"에 한 줄에 하나씩 붙여 넣는다. 6,200건은 한 번에 끝나지 않는다. 걸어 두고 다른 일을 한다.
의약화학 분야 설정
왼쪽 레일(⌘⇧G)의 "도메인 어휘"를 연다. "도메인"에 의약화학, "AI가 노트를 읽는 관점"에 "의약화학자처럼 읽어 주세요"를 넣고 "내 분야 가르치기"를 누른다. 화합물 목록을 손으로 채울 필요는 없다. 패널 설명대로 나머지 어휘는 앱이 노트에서 스스로 배우고, 바뀐 내용은 지금부터 저장하는 노트에 적용된다.
기존 노트 6,200건 다시 추출
도메인을 가르친 내용이 과거 노트에 반영되려면 다시 읽어야 한다. "추출" 패널의 "전체 재추출"을 누른다. 도중에 채팅을 보내면 "지식 그래프 구축 중" 대화상자가 "추출 완료 후 자동 전송"과 "지금 전송"을 묻는다. 6,200건 전수를 훑은 답이 필요하면 앞쪽을 고른다.
이전 명칭과 현재 명칭의 동일성 확인
"동의어" 패널은 "k8s"와 "Kubernetes"처럼 글자가 거의 같은 레이블을 알아서 묶는다. CPD-0417과 신규 명명은 글자가 겹치지 않으니 그 경로로는 안 묶인다. 이 쌍은 "관계 제안"에 올라온다. 유형에서 "같음"을 고르면 두 이름이 하나의 화합물로 병합되고, "동의어" 패널에 "병합됨"으로 남는다. "같음"은 설정과 무관하게 언제나 사람의 확인을 기다린다. 틀렸으면 "동의어"에서 "분리됨"으로 되돌린다.
업무별 질문 예시
"CPD-0417 실험 왜 접었지?"
→ 실험 노트 23건, 사후 리뷰 1건. 중단 사유가 "2023-04 프로젝트 사후 리뷰 · 34번째 줄"
인용으로 붙는다.
"이 타깃과 이 스캐폴드로 과거에 한 실험 전부 보여줘"
→ 화합물 4종, 실험 노트 61건. CPD-0417과 신규 명명이 한 줄로 묶여 나온다.
각 행에 [[노트]] 링크가 붙는다.
"이 계획서의 스크리닝 조건과 겹치는 과거 실험 있나?"
→ 3건. 그중 1건은 나중 노트가 결론을 바꿔, 엔티티 페이지 "개정"에 그 사실이 남아 있다.“관계 제안”에서 두 이름을 “같음”으로 확인하면 같은 화합물로 검색할 수 있습니다. 새로운 이름으로 질문해도 CPD-0417 시절의 노트 23건을 함께 검토할 수 있고, @멘션에서도 같은 엔티티를 지목할 수 있습니다.
사후 리뷰 40건에서 추출한 결정·주장·인용은 엔티티 페이지의 “당신의 표현으로”에 모입니다. 답변의 [[대괄호]] 참조를 열면 중단 사유를 기록한 원문을 확인할 수 있습니다. 계속 검토할 화합물은 채팅을 우클릭해 “케이스로 고정…”으로 저장하고, 다시 열 때 “새 증거” 스트립에서 추가된 노트를 확인할 수 있습니다.
활용 결과와 검토 범위
| 예전 | 지금 |
|---|---|
| 신규 명명으로 검색 → 0건. 3년 전 실험은 없는 것이 된다. | 이름이 무엇이든 같은 화합물로 모여, 실험 노트 23건이 함께 나온다. |
| 타깃으로 검색 → 300건. 같은 스캐폴드를 가리려면 노트를 열어 눈으로 본다. | "이 타깃과 이 스캐폴드"로 물으면 화합물 4종, 노트 61건이 링크와 함께 돌아온다. |
| 왜 접었는지는 3년 버틴 사람의 기억에 있다. 없으면 못 듣는다. | 중단 사유가 "2023-04 프로젝트 사후 리뷰 · 34번째 줄" 인용으로 답에 붙는다. |
| 계획서 승인 → 6주 뒤 같은 벽에서 멈춤. | 계획서 검토 자리에서 겹치는 과거 실험 3건을 먼저 본다. |
“같음” 확인은 선택한 이름 쌍에만 적용됩니다. 다른 화합물에도 명칭 차이가 있다면 각각 “관계 제안”에서 검토해야 하며, 제안되지 않은 이름 쌍은 자동으로 합쳐지지 않습니다.