바이오텍 R&D · 사례
이름이 바뀌어 검색에 안 걸리던 3년 전 실패가, 신임 연구원의 계획서 옆에 붙는다
이걸로 되는 일전자실험노트 6,200건에서 "이 타깃과 이 스캐폴드로 과거에 한 실험 전부" 같은 질문에, 내부 코드명과 신규 명명이 한 화합물로 묶인 목록과 중단 사유 원문 인용이 붙은 답을 받는다.
신임 연구원이 스크리닝 계획서를 들고 왔다. 타깃 하나, 스캐폴드 하나, 6주, 시약 견적 1,800만 원. 연구소장은 계획서에 적힌 화합물 이름을 사내 검색창에 친다. 결과 0건. 회의가 끝난 뒤에야 그는 3년 전 같은 스캐폴드로 실험을 돌렸던 것을 떠올린다. 그때 그 화합물의 사내 이름은 CPD-0417이었고, 지금 계획서에 적힌 이름과 글자가 하나도 겹치지 않는다.
이 사람은 45인 바이오텍의 연구소장이다. 연구원 평균 재직 기간은 2.8년이고, CPD-0417 실험을 돌린 사람은 재작년에 퇴사했다. 그가 가진 자료는 전자실험노트 익스포트 6,200건, 프로젝트 사후 리뷰 40건, 외부 문헌 노트 210건, 그리고 두 세대로 갈린 화합물 명명이다. 이 글은 그 자료를 Consilience 워크스페이스에 넣고 무엇을 묻는지, 어떤 모양의 답이 돌아오는지를 보여준다. 실제 고객 사례가 아니라 가정해 본 가상 시나리오다.
책상 위에 있는 것
3년 전 실험은 기록이 남아 있고, 왜 접었는지도 사후 리뷰에 문장으로 적혀 있다. 그 기록에 붙은 이름과 오늘 계획서에 적힌 이름이 다를 뿐이다.
- 전자실험노트 익스포트 6,200건. 노트 하나당 실험 하나씩, 프로토콜·조건·결과 수치·관찰 메모가 들어 있다.
- 프로젝트 사후 리뷰 40건. 왜 접었는지, 무엇이 벽이었는지가 문장으로 적힌 유일한 자료.
- 외부 문헌 노트 210건. 논문에서 뽑은 타깃·스캐폴드 요약과 원문 링크.
- 화합물 명명 두 세대. 2023년까지는 내부 코드명(CPD-0417), 이후는 신규 명명 체계. 매핑 표는 없다.
- 퇴사자 4명이 쓴 노트. 작성자에게 물어볼 수 없다.
지금은 이렇게 한다
지금 절차는 검색 한 번이다. 계획서의 화합물 이름을 사내 검색창에 넣고, 0건이면 타깃 이름으로 다시 넣는다. 타깃으로 검색하면 노트가 300건 넘게 걸린다. 그중 어느 것이 같은 스캐폴드인지 가리려면 노트를 하나씩 열어 구조를 눈으로 봐야 한다.
그래서 실제 판단은 사람 기억이 한다. 3년을 버틴 연구원이 회의실에 있으면 "그거 예전에 해봤다"는 말이 나오고, 없으면 안 나온다. 평균 재직 2.8년은 그 기억이 3년을 넘기지 못한다는 뜻이다. 신임 연구원의 계획서는 승인되고, 6주 뒤 같은 벽에서 멈춘다.
그 실험을 한 사람은 재작년에 나갔다. 이름이 언제 바뀌었는지는 아무 데도 안 적혀 있다.
이 자료를 이렇게 넣는다
일반 절차는 아카데미 레슨에 있다. 여기서는 이 자료에만 해당하는 것을 적는다. 6,200건이라는 규모, 그리고 글자가 하나도 안 닮은 두 세대 이름이 이 워크스페이스의 특수 사정이다.
익스포트 폴더를 통째로 넣는다
사이드바 → "소스 추출하기"(Cmd+Shift+I)에 전자실험노트 익스포트 6,200건과 사후 리뷰 40건 폴더를 끌어다 놓는다. 문헌 노트의 논문 링크는 "직접 추가하기" → "URL 추가"에 한 줄에 하나씩 붙여 넣는다. 6,200건은 한 번에 끝나지 않는다. 걸어 두고 다른 일을 한다.
도메인을 의약화학으로 지정한다
왼쪽 레일(⌘⇧G)의 "도메인 어휘"를 연다. "도메인"에 의약화학, "AI가 노트를 읽는 관점"에 "의약화학자처럼 읽어 주세요"를 넣고 "내 분야 가르치기"를 누른다. 화합물 목록을 손으로 채울 필요는 없다. 패널 설명대로 나머지 어휘는 앱이 노트에서 스스로 배우고, 바뀐 내용은 지금부터 저장하는 노트에 적용된다.
예전 노트 6,200건을 다시 읽힌다
도메인을 가르친 내용이 과거 노트에 반영되려면 다시 읽어야 한다. "추출" 패널의 "전체 재추출"을 누른다. 도중에 채팅을 보내면 "지식 그래프 구축 중" 대화상자가 "추출 완료 후 자동 전송"과 "지금 전송"을 묻는다. 6,200건 전수를 훑은 답이 필요하면 앞쪽을 고른다.
두 세대 이름을 사람이 확인해 묶는다
"동의어" 패널은 "k8s"와 "Kubernetes"처럼 글자가 거의 같은 레이블을 알아서 묶는다. CPD-0417과 신규 명명은 글자가 겹치지 않으니 그 경로로는 안 묶인다. 이 쌍은 "관계 제안"에 올라온다. 유형에서 "같음"을 고르면 두 이름이 하나의 화합물로 병합되고, "동의어" 패널에 "병합됨"으로 남는다. "같음"은 설정과 무관하게 언제나 사람의 확인을 기다린다. 틀렸으면 "동의어"에서 "분리됨"으로 되돌린다.
이렇게 묻는다
"CPD-0417 실험 왜 접었지?"
→ 실험 노트 23건, 사후 리뷰 1건. 중단 사유가 "2023-04 프로젝트 사후 리뷰 · 34번째 줄"
인용으로 붙는다.
"이 타깃과 이 스캐폴드로 과거에 한 실험 전부 보여줘"
→ 화합물 4종, 실험 노트 61건. CPD-0417과 신규 명명이 한 줄로 묶여 나온다.
각 행에 [[노트]] 링크가 붙는다.
"이 계획서의 스크리닝 조건과 겹치는 과거 실험 있나?"
→ 3건. 그중 1건은 나중 노트가 결론을 바꿔, 엔티티 페이지 "개정"에 그 사실이 남아 있다."관계 제안"에서 "같음"을 한 번 확인하면 검색이 두 이름을 한 화합물로 다룬다. 계획서에 적힌 신규 명명으로 물어도 CPD-0417 시절 노트 23건이 같이 나오고, @멘션으로 그 화합물을 지목할 때도 이름을 무엇으로 쓰든 같은 곳에 닿는다.
중단 사유가 요약이 아니라 문장으로 돌아오는 것은, 사후 리뷰 40건에서 뽑힌 결정·주장·인용이 엔티티 페이지의 "당신의 표현으로"에 모이기 때문이다. 그때 사람이 쓴 문장 그대로이고, 답의 [[대괄호]] 참조를 누르면 해당 노트로 간다. 이 화합물을 계속 볼 거라면 채팅을 우클릭 → "케이스로 고정…"으로 남긴다. 다시 열면 "새 증거" 스트립이 자리를 비운 사이 들어온 노트를 알려준다.
무엇이 달라지나
| 예전 | 지금 |
|---|---|
| 신규 명명으로 검색 → 0건. 3년 전 실험은 없는 것이 된다. | 이름이 무엇이든 같은 화합물로 모여, 실험 노트 23건이 함께 나온다. |
| 타깃으로 검색 → 300건. 같은 스캐폴드를 가리려면 노트를 열어 눈으로 본다. | "이 타깃과 이 스캐폴드"로 물으면 화합물 4종, 노트 61건이 링크와 함께 돌아온다. |
| 왜 접었는지는 3년 버틴 사람의 기억에 있다. 없으면 못 듣는다. | 중단 사유가 "2023-04 프로젝트 사후 리뷰 · 34번째 줄" 인용으로 답에 붙는다. |
| 계획서 승인 → 6주 뒤 같은 벽에서 멈춤. | 계획서 검토 자리에서 겹치는 과거 실험 3건을 먼저 본다. |
확인 한 번이 커버하는 범위는 그 쌍 하나다. 명명이 두 세대로 갈린 화합물이 여러 개면 각각 "관계 제안"에서 확인해야 하고, 제안이 올라오지 않은 쌍은 묶이지 않은 채로 남는다.