대학원 · 면역학 · 사례
심사위원이 "왜 프로토콜 B 대신 C를 썼나" 물을 때, 2년 전 그날 쓴 문장이 그대로 나온다
이걸로 되는 일문헌 노트 900편·실험 기록 400개가 쌓인 워크스페이스에서 "프로토콜 B에 대해 내가 적은 판단 전부, 시간순으로"라고 물으면, 2년 전 그날 쓴 문장이 원문 그대로, 어느 노트 몇 번째 줄인지와 함께 돌아온다.
디펜스까지 넉 달 남았다. 모의 심사에서 지도교수가 물었다. "프로토콜 B 놔두고 왜 C로 갔지?" 대답을 못 했다. 2년 전 어느 날 바꿨고 이유가 있었던 건 확실한데, 그 이유가 기억나지 않는다. 그날 밤 실험 기록 400개를 날짜순으로 열어 'protocol B'를 찾다가 새벽 2시에 덮었다. 서론 3페이지에는 같은 사이토카인을 두고 정반대를 말하는 문헌 두 편이 나란히 인용돼 있을 수 있는데, 확인해 본 적이 없다. 심사위원 중 한 명이 그중 한 편의 저자다.
이 사람은 면역학 박사과정 4년차다. 4년 동안 문헌 노트 900편, 실험 기록 400개, 랩미팅 메모 150개, 지도교수 메일 발췌 60건을 마크다운으로 쌓아 왔다. 자료는 다 있다. "내가 그때 왜 그렇게 판단했는지"가 파일 수백 개 어딘가에 흩어져 있을 뿐이다. 아래는 그 자료를 Consilience 워크스페이스에 넣었을 때 무엇을 물을 수 있고 무엇이 돌아오는지를 보여준다. 실제 고객 사례가 아니라 가정해 본 가상 시나리오다.
자료: 노트 1,500여 개, 4년치
파일은 전부 디스크에 있다. 이 사람은 기록을 성실하게 남긴 축에 든다. 폴더가 연도와 날짜로만 나뉘어 있어서, "프로토콜"이라는 한 주제를 4년치 파일을 가로질러 시간순으로 훑을 방법이 없는 것이 문제다.
- 문헌 노트 900편 — 논문 하나당 마크다운 하나. 초록 요약, 인용할 문장, "이건 우리 데이터랑 안 맞는다" 같은 자기 코멘트가 한 파일에 섞여 있다.
- 실험 기록 400개 — 날짜, 프로토콜, 조건, 결과. "오늘부터 C로 간다" 같은 한 줄이 결과 표 사이에 그냥 묻혀 있다.
- 랩미팅 메모 150개 — 발표 내용과 코멘트가 뒤섞여 있다. 누가 무슨 말을 했는지는 대부분 이름 없이 적혔다.
- 지도교수 메일 발췌 60건 — 메일에서 잘라 붙인 텍스트 뭉치. 날짜가 적힌 것도, 안 적힌 것도 있다.
- 학위논문 초고 3판 — 서론 인용 목록이 판마다 조금씩 다르다.
지금은 이렇게 한다
디펜스 준비는 예상 질문 리스트에서 시작한다. "왜 프로토콜 C인가"를 적어 놓고 답을 찾으러 실험 기록 폴더를 연다. 2024년 폴더를 통째로 열어 파일명 날짜로 프로토콜이 바뀐 시점을 어림한다. grep으로 'protocol B'를 걸면 37개 파일이 걸리는데, 대부분은 그날 B를 썼다는 기록이지 왜 썼는지에 대한 판단이 아니다.
결국 "아마 세포 생존율 때문이었을 거다"라고 답안을 먼저 만들고, 그걸 뒷받침할 데이터를 거꾸로 찾는다. 심사장에서 "아마"라고 답할 수는 없으니 근거는 어떻게든 붙인다. 서론의 문헌 모순은 검사할 방법이 없다. 900편 중 어느 둘이 같은 대상에 반대로 말하는지 확인하려면 900편을 다시 읽어야 하는데, 넉 달 안에는 불가능하다.
이유는 2년 전 실험 기록 어딘가에 분명히 적어 뒀다. 그게 400개 중 어느 파일인지를 모른다.
이렇게 준비한다
새 워크스페이스를 만들고 4년치 폴더를 그대로 넣는다. 원본 마크다운은 바뀌지 않으니 논문 초고 폴더도 통째로 넣어도 된다.
폴더 다섯 개를 그대로 넣는다
문헌 노트·실험 기록·랩미팅 메모·메일 발췌·논문 초고 폴더를 워크스페이스에 넣고 추출을 건다. 1,500여 개는 한 번에 끝나지 않으니 걸어 두고 다른 일을 한다. 추출이 끝난 노트는 문서 사이드바에 "핵심 사실" 배지가 붙는다.
면역학 용어를 먼저 등록한다
Treg, ILC2, 유세포분석 패널, 프로토콜 B/C 같은 이 랩의 어휘를 앱에 먼저 알려 준다. 문헌 노트 900편이 같은 분자를 "IL-10"과 "인터루킨-10"으로, 같은 세포를 "Foxp3+ Treg"과 "조절 T세포"로 제각각 부르고 있어서, 이걸 건너뛰면 한 주제가 여러 갈래로 흩어진 채 쌓인다.
같은 것의 다른 이름을 확인한다
앱이 "IL-10"과 "인터루킨-10"을 같은 것으로 제안한다. 자동으로 합쳐지는 건 없고 사람이 확인해야 반영된다. 900편 규모에서 면역학 표기 변형이 어디까지 잡히는지는 확인된 적이 없으니, 제안 목록은 직접 훑어야 한다.
프로토콜 결정 쌍을 확인한다
타이틀바의 "지식그래프 열기" → 왼쪽 레일의 "개정". "결정 검색…"에 프로토콜을 넣으면 "신규" = 2024-03-11의 "오늘부터 C로 간다", "개정" = 2024-01-08의 "당분간 B를 표준으로 쓴다" 쌍이 보인다. "확인"을 누르면 2024-01-08 결정이 앱 전체에서 "대체됨"으로 표시된다.
이렇게 묻는다
"@프로토콜 B에 대해 내가 적은 판단 전부, 시간순으로."
→ 결정 3건 · 미결 질문 2건 · 주장 4건. 전부 내가 쓴 문장 그대로.
2024-03-11 결정: "생존율이 40%대로 떨어져서 오늘부터 C로 간다."
↳ [[2024-03-11 T세포 분리]] · 12번째 줄
2024-02-27 미결 질문: "B의 소화 시간이 문제인가, 시약 랏 문제인가?"
2024-01-08 결정: "당분간 B를 표준으로 쓴다."
↳ 줄이 그어진 채 "대체됨" 배지
"서론에 인용한 @IL-10 문헌들, 서로 반대로 말하는 게 있나?"
→ 주장 6건. 남의 말에는 화자가 붙어서 온다.
"IL-10이 장 염증을 억제한다" — 화자 Ogawa 2021 · 서론 3페이지 인용
"IL-10 차단이 오히려 병변을 줄였다" — 화자 Lindqvist 2022 · 서론 3페이지 인용
같은 문단에 인용된 두 편. 모순인지 아닌지는 내가 판단한다.
"프로토콜 C로 바꾼 뒤 지도교수가 뭐라고 했나?"
→ 랩미팅 메모 2건 · 메일 발췌 1건. 화자 = 지도교수.
"C 쪽 생존율 근거를 논문 방법 섹션에 명시해라" (2024-04-02)2024-01-08 결정에 줄이 그어진 것은 "개정" 패널에서 이 쌍을 확인했기 때문이다. 그 결정은 지워지지 않고 남는다. 심사위원이 "B를 표준으로 쓴다고 하지 않았나"라고 물으면 그 문장과, 그것을 대체한 2024-03-11 문장이 둘 다 화면에 있고, "{노트}에서 대체됨" 링크가 대체한 노트를 연다. 엔티티 페이지의 "당신의 표현으로" 섹션에서는 같은 문장들이 결정·미결 질문·주장 그룹으로 나뉘어 보이고, 각 문장에 출처 노트 링크가 붙는다.
무엇이 달라지나
| 예전 | 지금 |
|---|---|
| 왜 바꿨는지 기억으로 재구성하고 데이터를 거꾸로 찾는다 | 2024-03-11 노트 12번째 줄의 "생존율이 40%대로 떨어져서 오늘부터 C로 간다"가 원문 그대로 나온다 |
| 실험 기록 400개를 날짜순으로 훑고 grep 결과 37개를 하나씩 열어 본다 | @프로토콜 B 엔티티 페이지의 "당신의 표현으로"에 결정·미결 질문·주장이 종류별로 모여 있다 |
| 1월 결정과 3월 결정이 둘 다 검색에 뜨고, 어느 쪽이 최신인지는 기억으로 판단한다 | 2024-01-08 결정에 줄이 그어지고 "{노트}에서 대체됨"이 2024-03-11 노트를 연다 |
| 서론에 나란히 인용한 두 편이 모순인지 모른 채 제출한다 | @IL-10 엔티티 페이지에서 두 문장이 저자 이름과 함께 나란히 놓인다 |
넉 달 동안 할 일 자체가 줄지는 않는다. 서론의 인용 목록은 직접 고쳐야 하고, 두 논문이 실제로 모순인지도 직접 읽고 판단해야 한다. 개정 쌍도 "확인"을 눌러야 반영된다. 달라지는 건 답의 출처다. 심사위원 질문 하나에 답할 때 파일 400개를 훑는 대신 2024-03-11 노트 12번째 줄을 인용한다.